software free kimia komputasi 3, Tinker, Gromacs dan ESPRESSO

Assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh.

Ketemu lagi nih, kali ini kita akan membahas program kimia komputasi yang bersifat free dan berjalan di Linux. Beberapa yang akan kita bahas antara lain Tinker, Gromacs dan ESPRESSO. Ketiganya bersifat free dan source codenya bisa didownload sehingga kita bisa mengkompilasinya sesuai dengan kebutuhan, khusus untuk Gromacs, dia sudah masuk ke dalam reponya Debian sehingga bisa diinstall hanya dengan perintah apt-get install gromacs.

Tinker merupakan software buatan Jay William Ponder yang sekumpulan program yang digunakan untuk simulasi mekanika molekular dan dinamika molekular. Selain berjalan sendiri, Tinker juga dapat dibuilt bersama dengan GAMESS. Jika dibuilt dengan GAMESS, maka download Tinker di webnya GAMESS. Sementara jika ingin dikompilasi sebagai program terpisah, download Tinker di http://dasher.wustl.edu/ffe/

Langkah untuk kompilasi Tinker cukup mudah karena script untuk kompilasinya sudah tersedia.Pertama-tama ekstrak file tinker-5.1.09.tar.gz. Kemudian masuk ke folder Tinker, di sini akan terlihat berbagai macam folder sesuai dengan mesin, sesuaikan saja dengan yang kita miliki. Di sini aku menggunakan Linux dengan kompiler Intel Fortran. Step selanjutnya :

1. Masuk ke folder linux/intel.
2. Copykan compile.make, link.make (untuk membuat program statis), library.make, rename.make ke direktori tinker/source.
Di manual Tinker disuruh mengedit clock.f, calendar.f dan openend.f tergantung dengan mesin/OS yang digunakan, tapi semua kubiarkan default saja.
3. Jalankan satu per satu
./compile.make
./library.make
./link.make
4. Jika ingin menjalankan rename.make, buat terlebih dahulu folder bin.
$ mkdir tinker/bin
5. ./rename.make

Yak, sampai sini kompilasi Tinker tanpa GUI sudah selesai  .

QUANTUM ESPRESSO merupakan program kimia komputasi untuk simulasi dinamika molekular, perhitungan struktur pita yang berbasiskan pada DFT. ESPRESSO banyak digunakan untuk perhitungan yang melibatkan logam, struktur kristal. ESPRESSO dapat didownload di http://www.quantum-espresso.org/. Instalasi ESPRESSO cukup simpel tanpa perlu menggunakan akses root (btw kebanyakan program yang aku gunakan selalu diinstall di /home, aku tak mau mengotori / jika sewaktu-waktu program tersebut aku hapus. Program-program seperti MKL, FFTW3 aku install di / karena agar bisa dibaca semua program yang dikompilasi belakangan).

Setelah download ESPRESSO kemudian ekstrak file tersebut. Setelah itu masuk ke direktori ESPRESSO. Jalankan ./configure sesuai dengan kebutuhan, misalnya
$ ./configure ARCH=X86_64 FC=ifort (dikompilasi di prosesor Intel 64 bit dengan kompiler Fortran Intel Fortran). Jika di komputer kita telah terinstall MKL, maka secara otomatis ESPRESSO akan mendeteksi library tersebut. Jika ada library lain selain MKL, pas configure juga bisa ditambahkan opsi berikut

$ ./configure LIBDIRS=”/opt/intel/mkl70/lib/32 /usr/lib/math” -> bisa diganti dengan direktori library yang ingin digunakan, jika ada lebih dari satu direktori, pisahkan dengan space. Bisa juga dengan opsi ini

$ ./configure BLAS_LIBS=”-L/usr/lib/math -lf77blas -latlas_sse”

Setelah selesai, lanjutkan dengan perintah make all. Oke, sampai di sini selesai instalasi ESPRESSO. Oia, untuk membuat input ESPRESSO bisa menggunakan pwgui.

untuk Gromacs, jika kalian menggunakan Debian atau turunannya yang repo-nya kompatibel dengan repo dDebian dapat diinstall menggunakan perintah aptitude install gromacs. Sedangkan untuk kompilasi dari source codenya aku belum pernah mencoba. Yak, sekian dulu bahasan tentang software free kimia komputasi, semoga bermanfa’at 

# tinker manual dan ESPRESSO manual