Link Penyedia Software Kimia Komputasi

yuph,,,,kali ini saya akan kasih tau link penyedia softwere kimia komputasi !
bagi kalian yang sedang mencari dan ingin mendownload softwere-softwere kimia komputasi ,tinggal klik aja link-link di bawah ini OK! langsung ke TKP aja yu!

cikidot!

1. Computation Chemistry
2. Linux Softpedia 
3. CCL.net
4. Free Software Directory
5. Chemtoolbox
6. SciStore.com
7. Chemistry Software
8. Chem-is-try.org 
9. MC Dalton 
10. Cell Design 

Peran Kimia komputasi dalam Penemuan Obat

Membawa senyawa kimia dari aras ide menjadi obat yang beredar di pasar merupakan proses yang membutuhkan sekitar rata-rata 800 juta US dollar menurut catatan yang disampaikan DiMasi dkk. (2003). Biaya yang sangat besar tentunya, apalagi dikaitkan dengan kemampuan ekonomi negara-negara berkembang, seperti Indonesia. Strategi dan upaya yang efektif dan ekonomis diperlukan untuk membawa Indonesia juga turut diperhitungkan dalam penemuan obat.

Tawaran yang menarik akhir-akhir ini adalah pemanfaatan komputer sebagai alat bantu dalam penemuan obat. Kemampuan komputasi yang meningkat eksponensial merupakan peluang untuk mengembangkan simulasi dan kalkulasi dalam merancang obat. Komputer menawarkan metode in silico sebagai komplemen metode in vitro dan in vivo yang lazim digunakan dalam proses penemuan obat. Terminologi in silico, analog dengan in vitro dan in vivo, merujuk pada pemanfaatan komputer dalam studi penemuan obat.

Mengapa dikatakan menarik? Alasan utamanya adalah efisiensi biaya. Sebagai ilustrasi akan disampaikan perbandingan penemuan obat secara konvensional dan dengan bantuan komputer ketika ditemukan suatu senyawa A dalam tanaman Z yang diduga aktif sebagai senyawa antikanker dengan menghambat enzim X, suatu enzim yang sudah diketahui strukturnya secara kristalografi:

1. Konvensional
   Secara konvensional yang bisa dilakukan adalah mensintesis turunan dan analog senyawa A dan diujikan dalam enzim X sampai ditemukan benerapa senyawa yang sangat potensial untuk dikembangkan. Pada senyawa-senyawa potensial tersebut dilakukan uji lanjutan dan secara alami senyawa-senyawa tersebut dapat berguguran dan tidak sampai ke pasar karena terbentur beberapa masalah pada uji lanjutan, misal didapati toksis. Kemudian dilakukan skrining lagi dari tanaman yang secara empiris dilaporkan mengobati kanker.
2. Dengan bantuan komputer (Computer-aided drug discovery; CADD)
   Di lain pihak, keberadaan sebuah komputer pribadi dilengkapi dengan aplikasi kimia komputasi yang memadai ditangan ahli kimia komputasi medisinal yang berpengalaman dapat menayangkan senyawa A secara tiga dimensi (3D) dan melakukan komparasi dengan senyawa lain yang sudah diketahui memiliki aktivitas tinggi, misal senyawa B. Berdasarkan komparasi 3D dilengkapi dengan perhitungan similaritas dan energi, memberikan gambaran bagian-bagian dan gugus-gugus potensial yang dapat dikembangkan dari senyawa A (pharmacophore query). Kemudian berbagai senyawa turunan dan analog disintesis secara in silico alias digambar sesuai persyaratan aplikasi komputer yang digunakan (Untuk selanjutnya disebut senyawa hipotetik). Hal ini jelas jauh lebih murah daripada sintesis yang sebenarnya. Keberadaan data struktur 3D enzim X akan sangat membantu. Aplikasi komputer dapat melakukan studi interaksi antara senyawa-senyawa hipotetik dengan enzim X secara in silico pula. Dari studi ini dapat diprediksi aktivitas senyawa-senyawa hipotetik dan dapat dilakukan eliminasi senyawa-senyawa yang memiliki aktivitas rendah. Sebelum diusulkan untuk disintesis, senyawa-senyawa hipotetik tersebut dengan diprediksi toksisitasnya secara in silico dengan cara melihat interaksinya dengan enzim-enzim yang bertanggung jawab pada metabolisme obat. Dari beberapa langkah in silico tersebut, dapat diusulkan beberapa senyawa analog dan turunan senyawa A yang memang potensial untuk disintesis dan dikembangkan, atau mengusulkan untuk mengembangkan seri baru. Jumlah senyawa yang diusulkan biasanya jauh lebih sedikit dibandingkan penemuan obat secara konvensional.

Dalam hal ini komputer membantu untuk mereduksi jumlah senyawa yang diusulkan secara rasional dan diharapkan lebih efektif serta , membantu mempelajari interaksi obat dengan targetnya bahkan kemungkinan sifat toksis senyawa tersebut dan metabolitnya. Berdasar pengalaman penulis, dalam waktu satu tahun di Indonesia dikarenakan kurang pengalaman (dan starting material tidak dapat ditemui di agen lokal, harus impor dan butuh waktu tiga bulan jika ada stoknya; alat untuk elusidasi struktur sangat jarang dan andaikan ada pun sering tidak dalam kondisi dapat digunakan,) rata-rata hanya mampu melaporkan sintesis 3 senyawa sederhana. Peran komputer dalam hal ini bagi negera berkembang dapat dioptimalkan.

Berdasarkan ilustrasi di atas dapat disarikan dua metode yang saling melengkapi dalam penggunaan komputer sebagai alat bantu penemuan obat, yaitu: (i) berdasarkan senyawa yang diketahui berikatan dengan target atau biasa disebut ligand, (rancangan obat berdasarkan ligand;ligand-based drug designi(LBDD)) dan (ii) berdasarkan struktur target baik berupa enzim maupun reseptor yang bertanggung jawab atas toksisitas dan aktivitas suatu senyawa di dalam tubuh (rancangan obat berdasarkan struktur target; structure-based drug design(SBDD)).

LBDD memanfaatkan informasi sifat fisikokimia senyawa-senyawa aktif sebagai landasan mendesain senyawa baru. Tiga metode LBDD yang lazim digunakan adalah pharmacophore discovery dan hubungan kuantitatif struktur-aktivitas/quantative structure-activity relationship(HKSA/QSAR), dan docking studies. Pharmacophore discovery yaitu metode mencari kesamaan sifat fisikokimia antara lain sifat elektronik, hidrofobik dan sterik dari senyawa-senyawa yang dilaporkan aktif kemudian dibangun suatu bagian 3D yang menggabungkan sifat gugus-gugus maupun bagian senyawa yang diduga bertangung jawab terhadap aktivitasnya (pharmacophore). Adapun QSAR memadukan statistika dengan sifat fisikokimia senyawa yang dapat dikalkulasi dengan bantuan komputer guna menurunkan suatu persamaan yang dapat digunakan memprediksi aktivitas suatu senyawa

Struktur protein target dapat dimodelkan dari data yang diperoleh struktur kristalnya maupun hasil analisis nuclear magnetic resonance NMR) maupun data genomic (bioinformatics). Struktur protein hasil kristalografi dapat diakses di www.rscb.org. SBDD memanfaatkan informasi dari struktur protein target guna mencari sisi aktif protein yang berikatan dengan senyawa. Berdasarkan prediksi sisi aktif dapat dirancang senyawa yang diharapkan berikatan dengan protein target tersebut dan memiliki aktivitas biologis.

Dengan memanfaatan informasi dari struktur target maupun sifat fisikokimia ligand dapat dilakukan skrining uji interaksi senyawa-senyawa yang diketahui aktif (ligand) pada prediksi sisi aktif protein. Berdasarkan informasi yang diperoleh dirancang senyawa baru yang diharapkan lebih poten dari senyawa-senyawa yang ada. Hal ini juga digunakan untuk studi interaksi ligand dengan protein targetnya. Salah satu kelemahan docking studies dalam untuk studi interaksi adalah asumsi struktur protein yang kaku, yang tidak memfasilitasi efek induced-fit dari interaksi protein dengan ligand-nya. Fleksibilitas protein dan interaksinya dengan suatu senyawa dapat dianalisis dengan mengaplikasikan Molecular Dynamics (MD), simulasi yang melihat perubahan struktur suatu senyawa terhadap waktu berdasarkan parameter-parameter tertentu.

Permasalahan utama untuk pemanfaatan komputer ini adalah keberadaan aplikasi kimia komputasi yang memadai dan lengkap. Salah satu aplikasi kimia komputasi yang cukup memadai untuk penemuan obat adalah Molecular Operating Environment (MOE) yang dikembangkanChemical Computing Group (www.chemcomp.com). MOE selain menawarkan fasilitas yang cukup lengkap juga user-friendly sehingga cocok digunakan dalam pembelajaran. Hanya saja aplikasi kimia komputasi yang user-friendly biasanya mahal sehingga alasan efisiensi biaya tidak lagi relevan. Sebagai informasi, biaya lisensi untuk penggunaan akademis (non komersial) sekitar 2000 US dollar pertahun. Namun demikian di era open source ini semakin banyak aplikasi-aplikasi kimia komputasi berbasis open source maupun yang menawarkan free academic license(Geldenhuys dkk., 2006). Hanya saja aplikasi-aplikasi tersebut seringkali tidak user-friendly dan untuk memanfaatkannya membutuhkan kemampuan komputer yang lebih dalam, seperti menguasai LINUX-based operating system dan command line editor bawaan masing-masing aplikasi. Selain tidak user-friendly, aplikasi-aplikasi tersebut seringkali fokus pada satu topik sehingga tidak cukup lengkap digunakan secara komprehensif. Beberapa contoh aplikasi-aplikasi yang tersedia secara gratis untuk tujuan nonkomersial: NAMD (http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/) , sebuah aplikasi untuk Molecular Dynamics; Visual molecular dynamics (VMD; http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/) untuk visualisasi molekul baik tunggal maupun trajectory hasil studi Molecular Dynamics; ArgusDock (www.arguslab.com) untuk docking analisis; GAMESS (www.uiowa.edu/~ghemical/gtk-gamess.shtml) untuk minimisasi energi; dan ACD/labs ChemSkecth (www.acdlabs.com) untuk menggambar struktur kimia.

Dengan berbagai data sintesis dan uji aktivitas yang telah dilakukan banyak peneliti yang telah dipublikasikan baik di Indonesia maupun internasional serta data struktur protein yang dapat mudah diakses, berpartisipasi dalam penemuan obat secara efektif dan efisien dengan memanfaatkan CADD merupakan salah satu peluang yang layak dipertimbangkan untuk ditekuni lebih lanjut.

Artikel ini dikutip dari:

http://www.chem-is-try.org/artikel_kimia/biokimia/peran_komputer_dalam_penemuan_obat/

[Chempup] GElement

GElement merupakan salah satu perangkat lunak yang di "bundle" bersama chempup. Software ini adalah tabel periodik unsur yang memiliki informasi dari setiap unsur yang disajikan. Salah satu kelebihan software ini adalah kita bisa mendapatkan informasi yang sangat banyak dari masing-masing unsur.

     Kita bisa mendapatkan informasi umum mengenai unsur tersebut semisal golongan, periode, penemu dan tempat ditemukannya, lalu kita juga bisa mengetahui sifat fisik dan atomik dari unsur. Satu hal lagi yang menarik dari software ini kita dapat mengurutkan unsur-unsur yang ada di tabel periodik sesuai dengan keinginan kita yaitu dengan mengubah sudut pandangnya menjadi bentuk tabel.

Istilah dalam Kimia Komputasi

• Molecular modeling merupakan suatu metode untuk merancang dan menganalisis struktur dan sifat-sifat molekul tertentu dengan mengunakan teknik kimia komputasional dan teknik visualisasi grafis yang bertujuan untuk menyediakan struktur geometri tiga dimensi yang sesuai dengan parameter kondisi yang telah ditentukan. (Leach, 2001).

• Molecular docking merupakan suatu teknik yang digunakan untuk mempelajari interaksi yang terjadi dari suatu kompleks molekul. Molecular docking dapat memprediksikan orientasi dari suatu molekul ke molekul yang lain ketika berikatan membentuk kompleks yang stabil. (Funkhouser, 2007).

• Molecular Operating Environment (MOE) dikembangkanChemical Computing Group (www.chemcomp.com). MOE selain menawarkan fasilitas yang cukup lengkap jugauser-friendly sehingga cocok digunakan dalam pembelajaran. Hanya saja aplikasi kimia komputasi yang user-friendly biasanya mahal sehingga alasan efisiensi biaya tidak lagi relevan.

• ab initio berasal dari bahasa latin yang diberikan untuk menandai perhitungan yang diturunkan secara langsung dari prinsip-prinsip teoritis, tanpa memasukkan data eksperimen. Ab initio mengacu pada perhitungan mekanika kuantum melalui beberapa pendekatan matematis, seperti penggunaan persamaan yang disederhanakan (Born Oppenheimer approximation) atau pendekatan untuk penyelesaian persamaan differensial. (PENGANTAR KIMIA KOMPUTASI, Dr. Harno Dwi Pranowo, M.Si)

• Mekanika Molekul merujuk pada penggunaan mekanika Newton untuk memodelkan sistem molekul. Pendekatan mekanika molekul secara luas diterapkan pada penemuan struktur molekul yang teliti, simulasi dinamika molekul, simulasi Monte Carlo, dan simulasi doking ligan.

• Visualisasi data adalah proses menampilkan informasi dalam jenis representasi piktorial atau grafis. Sejumlah program komputer yang sekarang tersedia untuk menerapkan skema pewarnaan data atau bekerja dengan tiga dimensi representasi.

Sumber : Kamsui's Blog Wikipedia

Software linux ubuntu

Software Linux Ubuntu 10.10 Maverick Meerkat

Tak perlu berpanjang lebar lagi, berikut ini adalah fitur-fitur menarik yang datang bersama Maverick Meerkat.
Yanga baru pada Ubuntu 10.10:

• GNOME 2.32.0 desktop environment;
• Linux kernel 2.6.35.3;
• Nouveau video driver;
• X.Org 7.5;
• Xorg Server 1.9.0;
• Compiz Fusion 0.8.4;
• New artwork.

Fitur-fitur Ubuntu 10.10:

• Installer diubah total – lebih mudah digunakan;
• 17 wallpaper baru – dari berbagai fotografer di seluruh dunia;
• Peningkatan default theme – Ambiance sebagai default theme telah diubah dan tampak luar biasa;
• Font baru yang mengagumkan – font default telah diganti dengan yang baru dan indah;
• Ubuntu One untuk Android dan iPhone – itu akan memungkinkan pengguna dengan mudah mensinkronisasi seluruh koleksi musik mereka ke smartphone Android atau perangkat iOS 4 dari Apple;
• OneConf – memungkinkan pengguna dengan mudah mensinkronkan beberapa aplikasi yang diinstal melalui beberapa mesin, via Ubuntu Software Center;
• Peningkatan Ubuntu Software Center – menawarkan deskripsi yang lebih baik, apa yang baru dan tambahan lainnya;
• Dukungan untuk aplikasi komersial – sekarang terintegrasi dalam Ubuntu Software Center;
• Peningkatan aplikasi Kalkulator – gcalctool telah benar-benar diubah dan memiliki fitur canggih;
• Peningkatan Indikator applet – Volume control applet sekarang mendukung Rhythmbox;
• Perbaikan Computer Janitor app – sekarang lebih cerdas dan lebih cepat dari sebelumnya;
• Mendukung gerakan dengan multi-touch – dukungan untuk gerakan dengan multi-touch dimungkinkan melalui Ubuntu’s uTouch 1.0 gesture dan multi-touch stack.

• Calculator 5.32.0 (sebuah kalkulator aritmatika, ilmiah atau keuangan);
• Character Map 2.32.0 (untuk memasukkan karakter khusus ke dalam dokumen);
• Baobab 2.31.1 (analisa penggunaan disk);
• Search for Files (aplikasi default sistem pencarian);
• Gnome Screenshot 2.32.0 (menyimpan gambar dari desktop atau jendela individu);
• Gnome Terminal 2.32.0 (anda dapat menggunakan command-line);
• Gedit 2.30.3 (editor teks kecil dan ringan dengan spell-checker intuitif);
• Tomboy 1.4.0 (aplikasi pencatat desktop).

Grafik:

• Shotwell 0.7.2 (foto manajer, editor dan importir RAW);
• OpenOffice.org Drawing 3.2.1 (gambar, logo, editor dan pembuatan diagram);
• Simple Scan 2.32.0 (scan, copy dan fax gambar).

Internet:

• Empathy 2.32.0 (IM multi-protocol);
• Evolution Mail 2.30.3 (e-mail client);
• Firefox 3.6.10 (web browser yang populer);
• Gwibber 2.32.0.1 (Microblogging);
• Vinagre 2.30.2 (remote desktop viewer);
• Terminal Server Client 0.150 (rdesktop, vncviewer, wfica, frontend Xnest);
• Transmission 2.04 (BitTorrent client yang ringan).

Perkantoran:

• Dictionary 2.31.1 (alat untuk mencari definisi kata dan ejaan di kamus online);
• Evolution Mail and Calendar 2.30.3 (e-mail client);
• OpenOffice.org Suite 3.2.1 (spreadsheet, presentasi dan pengolah kata).

Sound dan Video:

• Brasero 2.32.0 (aplikasi pembakar CD/DVD);
• Totem 2.32.0 (pemutar DVD-Video, DivX, XviD, WMV, MOV);
• PiTiVi 0.13.5 (editor dan pembuat film);
• Rhythmbox 0.13.1 (Last.fm, radio dan pemutar musik);
• Sound Recorder 2.31.6 (alat perekam audio).

Utilitas Administrasi Sistem:

• Computer Janitor 2.0.4 (alat untu menghapus file-file usang dan membersihkan sistem anda);
• Palimpsest Disk Utility 2.30.1 (disk drive manajemen dan utilitas konfigurasi);
• Synaptic Package Manager 0.63.1 (install, hapus dan upgrade paket software);
• Ubuntu Software Center 3.0.4 (software installer/updater tool).

Download Ubuntu 10.10;
ubuntu-10.10-alternate-amd64.iso 694M Alternate install CD for 64-bit PC (AMD64) computers (standard download)
ubuntu-10.10-alternate-amd64.iso.torrent 27K Alternate install CD for 64-bit PC (AMD64) computers (torrent download)
ubuntu-10.10-alternate-i386.iso 693M Alternate install CD for PC (Intel x86) computers (standard download)
ubuntu-10.10-alternate-i386.iso.torrent 27K Alternate install CD for PC (Intel x86) computers (torrent download)

Mencoba Linux di Windows dengan Linux Live USB Creator

Dengan semakin banyak dan berkembangnya Sistem Operasi Linux, terutama banyaknya distro Linux gratis yang bisa kita gunakan seperti Ubuntu, Kubuntu, Fedora, PCLinuxOS dan lainnya, mungkin membuat sebagian yang belum pernah mencoba penasaran. Bagi pengguna Windows, ada alternatif untuk mencoba tanpa harus install di komputer, dengan menggunakan USB Flashdisk saja.

Linux Live USB Creator mendukung berbagai distro Linux, selengkapnya bisa dilihat di Supportes Linuxes. Selain bisa membuat bootable USB Linux, dengan Lili ini, kita juga bisa membuat Linux langsung berjalan di windows tanpa harus booting. Dibanding UNetBootin, penggunaannya juga lebih mudah.

5 Langkah Mudah

Untuk membuat Bootable Linux dalam USB, software ini memberikan 5 langkah mudah. Ketika menjalankan pertama kali, langsung tampil ke-5 langkah ini dengan penjelasan yang mudah diikuti. Berikut tampilan awal program ini :

Penjelasan Langkah-langkahnya sebagai berikut:

1. Pilih USB Flashdisk yang akan di isi dengan Linux, USB harus dengan Format FAT atau FAT32. Jika USB sudah FAT atau FAT32, kita tidak perlu mem-formatnya.
2. Langkah ini adalah memilih sumber distro Linux, bisa dari CD-ROM, file ISO yang sudah ada di hardisk atau jika kita punya koneksi internet yang cepat, pilih Download (langsung download dari internet)
3. PERSISTENCE, merupakan pengaturan besarnya space USB yang akan digunakan untuk menyimpan data, konfigurasi yang kita ubah atau jika kita nanti ingin menginstall software tambahan di linux USB ini. Jika ini tidak di isi ( 0 MB), maka Linux di USB tetap bisa dijalankan, tetapi perubahan data di linux tidak akan tersimpan. Serta kita tidak bisa menyimpan data di linux dan menginstall software tambahan lain.
4. Langkah 4 ini ada 3 pilihan : yang pertama apakah file-file yang diuat akan di sembunyikan (hidden), kedua apakah USB akan di format ( semua data akan hilang) dan ketiga untuk membuat versi portable di windows (perlu koneksi internet)
5. Langkah terkhir adalah CREATE, klik icon halilintar warna kuning untuk mulai proses pembuatan. Sebelumnya kita bisa mengatur opsi tambahan dengan klik tombol OPTIONS

Setelah langkah 5 selesai, maka USB kita sudah berisi Linux dan siap kita coba. Restart komputer dan atur BIOS agar booting pertama kali membaca USB Flashdisk

Penjelasan tentang PERSISTENCE

Dengan adanya fitur Persistence, setelah kita booting dan menjalankan linux, maka segala perubahan (setting) atau penambahan file bisa tersimpan di USB. Kita juga bisa menginstall software di linux dan software ini akan tersimpan meski kita restart komputer atau booting ulang.
Jika Persistence ini di isi 0 MB, maka perubahan setting atau data di linux (misalnya mengubah theme/tampilan, wallpaper dsb) akan hilang ketika kita menjalankan ulang Linux di USB. Dan sampai artikel ini ditulis, jika kita menjalankan Linux USB ini secara langsung dari windows ( dengan VirtualBox ), maka fitur Persistence belum bekerja.

Membuat Versi Portable di windows

Di langkah ke 4 terdapat pilihan untuk membuat Linux bisa langsung dijalankan di windows tanpa harus booting. Tetapi jika ini dipilih, installasi akan memerlukan koneksi internet untuk download software tambahan, yaitu VirtualBox ( besarnya sekitar 68 MB). Dengan koneksi yang terbatas, tentu ini akan merepotkan, apalagi jika belum selesai tetapi proses pembuatan gagal di tengah jalan.
Alternatifnya, jika ingin membuat versi Windows, kita bisa download VirtualBox secara terpisah dari link yang sudah disediakan ( Download Portable Virtual Box – 68 MB). Selanjutnya Extract (atau buka virtual box) dan letakkan semuanya di USB yang sudah berisi linux yang sudah dibuat.
Setelah di extract ke USB akan ada folder bernama VirtualBox. Selanjutnya kita tinggal membuka folder ini dan menjalankan file Virtualize_This_Key.exe.
Download:
- Linux Live USB Creator Versi Installer (3 MB)
- Linux Live USB Creator Versi Portable (3.1 MB)
Informasi selengkapnya silahkan mengunjungi LinuxLiveUSB.


sumber : http://ebsoft.web.id/2011/02/14/mencoba-linux-di-windows-dengan-linux-live-usb-creator/