Beberapa hari yang lalu saya diminta oleh salah seorang teman untuk menginstallkan kembali ChemDraw miliknya yang secara tidak sengaja terkena update. Entah karena dia begitu memaksa karena memang sangat perlu atau bagaimana, akhirnya saya menolaknya. Bukan tidak kasihan padanya , tapi membajak software yang berbayar adalah sebuah tindakan yang tidak baik dan harus kita hindari. Membajak berarti mencuri, mencuri berarti dosa.Pada akhirnya saya menyarankannya untuk menggunakan software yang free untuk menggambar struktur molekul.
Sejak awal kuliah, kita selalu disodori dua buah software kimia, HyperChem dan ChemDraw hingga tak sedikit mahasiswa yang membajak software tersebut. Memang sih, saya akui bahwa kualitas dari keduanya sudah tak diragukan lagi, tetapi jika memang tidak bisa membeli software aslinya ya jangan membajak. Masih banyak kok software-software lain yang tidak kalah powerful dari keduanya. Baik untuk pembelajaran kimia komputasi atau untuk menggambar struktur. Karena kebanyakan teman-teman saya menggunakan keluarga Windows, maka di bawah ini akan saya tampilkan beberapa diantaranya :
1.MarvinSketch
MarvinSketch merupakan produk dari ChemAxon, ltd. Fungsinya adalah untuk menggambar struktur molekul. MarvinSketch membutuhkan JRE (Java Runtime Environment) jadi pastikan bahwa di komputer telah terinstall JRE. MarvinSketch dapat didownload dari chemaxon.com. Perlu kesabaran jika hendak mendownloadnya karena masalah yang saya temui dari dulu sampai sekarang adalah susah untuk login. Sebaiknya setelah login, minta password baru dari chemaxon kemudian login-lah dengan password baru tersebut. Bagi para Linuxer, saya lupa apakah tersedia juga yang versi linux atau tidak 
.
.
2.ChemSketch
ChemSketch memiliki fungsi yang hampir sama dengan MarvinSketch, untuk menggambar struktur molekul. Software inilah yang akhirnya saya sarankan kepada teman saya tersebut. ChemSketch dapat didownload dariacdlabs.com. Hanya sampai sekarang, saya masih belum tahu cara menggambar mekanisme reaksi dengan ChemSketch, mungkin karena saya juga jarang memakai software ini.
ChemSketch memiliki fungsi yang hampir sama dengan MarvinSketch, untuk menggambar struktur molekul. Software inilah yang akhirnya saya sarankan kepada teman saya tersebut. ChemSketch dapat didownload dariacdlabs.com. Hanya sampai sekarang, saya masih belum tahu cara menggambar mekanisme reaksi dengan ChemSketch, mungkin karena saya juga jarang memakai software ini.
3.XDrawChem
Nah, jika benar-benar ingin mencari software free yang memiliki tampilan yang hampir mirip dengan ChemDraw adalah XdrawChem. XdrawChem adalah produk yang dihasilkan oleh Bryan Herger dkk. Tapi sayangnya untuk versi Windows, tampaknya tidak lagi dikembangkan alias obsolete. Selain versi Windows, terdapat juga versi Linux dan software inilah yang saya gunakan setahun lalu untuk menggambar struktur pas Tugas Mandiri. Dalam versi Windows masih terdapat bug yang menyebabkan program sering error terutama ketika menggambar mekanisme reaksi. Kemampuan dari XdrawChem hampir sama dengan ChemDraw, untuk menggambar, memprediksi spektra IR, pergeseran kimia dll. Sepengalaman saya untuk instalasi di Linux cukup mudah asal memiliki koneksi internet atau DVD Repo. Di keluarga Debian cukup dengan perintah “apt-get install xdrawchem”. Sayangnya, jika harus mengkompile langsung dari source, agak sedikit merepotkan
.
Nah, jika benar-benar ingin mencari software free yang memiliki tampilan yang hampir mirip dengan ChemDraw adalah XdrawChem. XdrawChem adalah produk yang dihasilkan oleh Bryan Herger dkk. Tapi sayangnya untuk versi Windows, tampaknya tidak lagi dikembangkan alias obsolete. Selain versi Windows, terdapat juga versi Linux dan software inilah yang saya gunakan setahun lalu untuk menggambar struktur pas Tugas Mandiri. Dalam versi Windows masih terdapat bug yang menyebabkan program sering error terutama ketika menggambar mekanisme reaksi. Kemampuan dari XdrawChem hampir sama dengan ChemDraw, untuk menggambar, memprediksi spektra IR, pergeseran kimia dll. Sepengalaman saya untuk instalasi di Linux cukup mudah asal memiliki koneksi internet atau DVD Repo. Di keluarga Debian cukup dengan perintah “apt-get install xdrawchem”. Sayangnya, jika harus mengkompile langsung dari source, agak sedikit merepotkan
.
Sebenarnya masih banyak lagi software-software kimia yang bersifat free jika hanya ingin untuk menggambar struktur molekul, tapi saya cukupkan 3 saja hehe. Kemudian adalah software-software untuk visualisasi hasil perhitungan kimia komputasi. Terdapat banyak sekali software-software untuk keperluan tersebut, baik yang komersil atau pun yang bersifat free.
1.VMD
VMD adalah program yang didesain untuk memvisualisasi dan analisis biopolimer seperti protein, asam nukleat, membran. VMD dapat berjalan di atas platform UNIX, Mac OS dan Microsoft Windows. Selain itu VMD juga dapat memvisualisasi data-data dari dinamika molekular, simulasi dan lainnya. Dokumentasi on-line dari VMD dapat dilihat di http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/. VMD didistribusikan guna keperluan akademis dan non komersil. Untuk download VMD, cukup mengisi form registrasi dan membaca end user license kemudian tinggal download.
1.VMD
VMD adalah program yang didesain untuk memvisualisasi dan analisis biopolimer seperti protein, asam nukleat, membran. VMD dapat berjalan di atas platform UNIX, Mac OS dan Microsoft Windows. Selain itu VMD juga dapat memvisualisasi data-data dari dinamika molekular, simulasi dan lainnya. Dokumentasi on-line dari VMD dapat dilihat di http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/. VMD didistribusikan guna keperluan akademis dan non komersil. Untuk download VMD, cukup mengisi form registrasi dan membaca end user license kemudian tinggal download.
2.RasMol
RasMol adalah program yang ditujukan untuk memvisualisasi protein, asam nukleat, dan molekul-molekul kecil. Tujuan dari RasMol adalah menghasilkan visualisasi yang memenuhi syarat untuk publikasi ilmiah, dan mengajarkan visualisasi. RasMol bekerja dengan membaca koordinat atom kemudian menghasilkan berbagai macam “molecular representations”. Rasmol berjalan di atas platform Windows, Linux,VMS dan Mac. RasMol dapat didownload di www.rasmol.org.
RasMol adalah program yang ditujukan untuk memvisualisasi protein, asam nukleat, dan molekul-molekul kecil. Tujuan dari RasMol adalah menghasilkan visualisasi yang memenuhi syarat untuk publikasi ilmiah, dan mengajarkan visualisasi. RasMol bekerja dengan membaca koordinat atom kemudian menghasilkan berbagai macam “molecular representations”. Rasmol berjalan di atas platform Windows, Linux,VMS dan Mac. RasMol dapat didownload di www.rasmol.org.
3.Molekel
Molekel merupakan produk keluaran dari Swiss National Supercomputing Centre (CSCS) yang juga ditujukan untuk memvisualisasi hasil perhitungan kimia komputasi. Dengan molekel kita bisa mengambil snapshot dari hasil perhitungan dan mengekstrak sifat-sifatnya. Selain itu juga dapat membuat animasi dengan Molekel.
Molekel merupakan produk keluaran dari Swiss National Supercomputing Centre (CSCS) yang juga ditujukan untuk memvisualisasi hasil perhitungan kimia komputasi. Dengan molekel kita bisa mengambil snapshot dari hasil perhitungan dan mengekstrak sifat-sifatnya. Selain itu juga dapat membuat animasi dengan Molekel.
Demikianlah beberapa software-software kimia komputasi yang bersifat free. Masih banyak lagi software-software yang powerful baik untuk menggambar struktur molekul, visualisasi, running antara lain VASP (Vienna Ab Initio Simulation Packages) yang biasa digunakan untuk simulasi padatan dan di jurnal-jurnal internasional menggunakan VASP untuk simulasi padatan, lalu ada ChemCraft untuk visualisasi hasil perhitungan, ChemCraft cukup powerful, tapi sayangnya keduanya tidak didistribusikan secara bebas. Kemudian masih ada Molden dan WinGAMESS yang juga cukup powerful untuk visualisasi dan running. Dalam bidang docking molekular ada AutoDock yang juga bersifat free. So, jangan pernah tergantung pada satu macam software saja, karena bisa jadi ada software yang lebih baik dari lagi apalagi sudah tergantung dengan satu software, bajakan lagi. Aduuhh, ampuun deejee -_-!
Untuk teman-teman yang menggunakan Linux, berbahagialah karena terdapat berbagai macam software-software kimia baik untuk menggambar struktur atau pun untuk running. Beberapa distro Linux seperti Debian, Ubuntu, OpenSuse (karena ini yang pernah saya pakai) juga memasukkan software untuk pendidikan ke dalam repository mereka sehingga user yang membutuhkan software-software tersebut tinggal menginstall dengan perintah apt atau aptitude. Jika menggunakan OpenSuse tinggal menggunakan zypper atau yum. Nah, jika ternyata tidak ada di dalam repository, lalu bagaimana? Hal ini dapat terjadi karena tidak semua software dapat dimasukkan ke repository dari masing-masing distro atau karena tidak memenuhi aturan main yang telah ditetapkan oleh distro, seperti Debian yang terkenal sangat kolot dan ketat dalam memasukkan software ke dalam repositorynya. Jika hal ini terjadi maka langkah yang dapat dilakukan adalah meng-compile langsung dari source code atau mengikuti petunjuk instalasi yang dikeluarkan oleh pembuatnya contohnya GAMESS harus dikompile langsung dari source codenya, TurboMole yang versi demo tinggal diinstal dari kode binary-nya.
semoga bermanfa’at !
